Naselje Rakitnica spominje se 1311. godine, a danas se još naziru ostaci nekadašnjih kuća i zidina izgrađenih u suhozidu.
Mjesna crkva sv. Ivana Krstitelja, smještena u neposrednoj blizini sela, sagrađena je 1445. godine, kad je utemeljena i župa Rakitnica.
Šibenski plemići, vlasnici Rakitnice, zajedno sa seljanima, 1509. godine započinju, radi obrane od Turaka, gradnju kaštela Gradina na strmom grebenu iznad naselja. Kroz cijelo 17. stoljeće vodile su se ljute borbe za Rakitnicu između turske i mletačke vojske, ali je mir nastupio tek 1699. godine, kad su Turci napustili ovaj kraj.